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BGISEQ-50沿用先進的聯合探針錨定聚合技術（cPAS）和改進的DNA納米球（DNB）核心測序技術，將DNA分子錨與熒光探針在DNA納米球上進行聚合，利用高分辨率成像系統對光信號進行采集，并通過對光信號的數字化處理，最終獲得待測DNA序列信息。

BGISEQ-50采用高精密部件，內置獨立的樣本加載試劑槽和全自動試劑針穿刺系統，在簡約化的結構中自動集成樣品加載、測序和分析等多項功能，體積小巧，易于安放，不僅全面面向在臨床領域和科研領域的基礎測序應用項目，而且適用范圍廣泛，突破空間限制，即使在高海拔下的低氣壓環(huán)境中也能正常運行。

BGISEQ-50采用智能化圖標觸控式操作系統，兼容全自動樣本追蹤管理，提供最為優(yōu)化的流程指引，測序操作極其簡單：只需分別將預制的一體化測序試劑盒和高精度微加工的卡片式測序芯片裝入機體，點擊“測序”按鈕，10小時即可自動完成樣本加載和測序，支持無人值守模式，應用分析一步到位。配備可選的自動化樣本制備系統，18小時即可完成包括樣本制備在內的全流程。